1. قسم الباطنة من الأقسام المؤسسة للتعليم عند افتتاحه سنة 2000 و شرف برئاسته أ.د/ السيد المغاوري السيد حتي سنة 2016
  2.  يضم القسم وحدات تخصصيه في أمراض الجهاز الهضمي و المناظير – الكلي و الغسيل الكلوي  – السكر و الغدد الصماء و الأيض
  3.  قدم القسم العديد من الأبحاث العلمية في مؤتمرات عالمية تخصصية و قام بنشر كثير من الأبحاث في المجلات العلمية
  4. يقوم القسم بعمل يوم علمي شهري في الأحد الأخير من كل شهر يتضمن محاضرات في طب الطوارئ و عرض حالات إكلينيكية و محاضرات عن  الجديد في علم الباطنة